У Сполучених Штатах запрацював новий онлайн-портал COVIDome Explorer, який забезпечує доступ до багатовимірного набору даних про пацієнтів з коронавірусною інфекцією. Ресурс покликаний пришвидшити обмін даними між вченими у світі. Про це пише видання American Laboratory.
У США розпочав роботу новий ресурс COVIDome Explorer. Повідомляється, що на онлайн-порталі можна отримати доступ до багатовимірного набору даних пацієнтів з коронавірусом, отриманих в результаті комплексного аналізу, проведеного в Медичному кампусі Університету Колорадо Аншутц (University of Colorado Anschutz Medical Campus).
Зазначається, що публічний портал містить демографічні та клінічні дані, а також узгоджений аналіз транскриптома цільної крові, плазми, метаболому еритроцитів, глибоке імунне фенотипування за допомогою масової цитометрії та тести на сероконверсію для кожного пацієнта.
Онлайн-портал покликаний дати дослідникам з усього світу доступ до широкого набору даних для швидкої перевірки та генерації гіпотез, відкриттів в реальному часі. Ресурс має вбудовані фільтри та інструменти візуалізації даних, а також таблиць у форматі CSV, Excel та PDF.
Повідомляється, що кожен набір даних пов’язаний на рівні вибірки з унікальним ідентифікатором, який дозволяє використовувати перехресні посилання між платформами.
COVIDome Explorer містить шість інформаційних панелей: когорта, транскриптом, протеом, цитокіни, метаболіт та імунні карти. Кожна панель управління працює у власному ізольованому й захищеному середовищі. Ознайомитися з роботою порталу можна за посиланням.
У документі з відкритим доступом, опублікованому у виданні Cell Reports, детально описується, як створювали набори даних COVIDome Explorer Також пояснюється, як використовувати ресурс та інформаційні панелі для аналізу, візуалізації, обміну даними в реальному часі.
«Глобальна криза в області охорони здоров’я, викликана пандемією COVID-19, ще раз наголошує на необхідності швидкої співпраці, відкритого доступу до рецензованих рукописів та обміну даними», – заявив віцеканцлер з досліджень Медичного кампуса Університету Колорадо Аншутц, доктор медицини Томас Флейг.
Він зауважив, що через поширення штаму «Дельта» критично важливо мати легкий і своєчасний доступ до інформації про COVID-19. Вчений додав, що також необхідне поширення кращих доступних наукових даних для боротьби з пандемією.
Зазначається, що COVIDome був змодельований після роботи розробників з Інституту синдрому Дауна Лінди Крнік (Linda Crnic Institute for Down Syndrome), які раніше створили проєкт Human Trisome та портал даних TrisomExplorer.
Команда розробників використала технологію TrisomExplorer, що дозволило їм створити новий протала декілька тижнів і зробити його доступним для широкого загалу.
«Наша місія COVIDome Explorer – сприяти розробці досконаліших профілактичних, діагностичних і терапевтичних інструментів для клінічного ведення COVID-19. Ми очікуємо, що цей онлайн-портал швидко прискорить обмін даними про COVID-19, перевірку гіпотез і відкриття в усьому світі», – пояснив виконавчий директор Інституту синдрому Дауна Лінди Крнік, доктор філософії Хоакін Еспіноза.
Нагадаємо, що вчений з США виявив видалені генетичні дані про коронавірус. Вони зберігалися в архіві Національних інститутів охорони здоров’я США, а потім були видалені.
